A conservação por fermentação baseia-se no antagonismo entre espécies microbianas, em que uma ou mais espécies inibem as demais, por meio da competição por nutrientes e da produção de metabólitos antimicrobianos a partir de substratos presentes no alimento. Tais metabólitos, geralmente ácidos orgânicos, álcoois e CO2, limitam o crescimento da flora patogénica e/ou deterioradora .
A fermentação necessita, em alguns casos, de métodos complementares de conservação como a pasteurização, no caso da cerveja, e no caso de laticínios há necessidade de armazenamento em refrigeração.
Além do objectivo de conservação a produção dos ácidos, álcoois e CO2 são responsáveis por conferir características sensoriais agradáveis aos alimentos. A partir da percepção disso o mercado passou a utilizar a fermentação em maior escala para este fim, em detrimento da finalidade conservativa.
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